Mặc dù có nhiều qui tắc khi nào dùng cách đọc onyomi hay khi nào dùng kunyomi, trong tiếng Nhật tràn ngập các trường hợp không theo qui tắc, và ngay cả người bản địa không phải lúc nào cũng có thể biết cách đọc của một ký tự nếu không có kiến thức tốt.
Qui tắc vỡ lòng là đối với những kanji độc lập, chẳng hạn một ký tự biểu diễn một từ đơn nhất, thường được đọc bằng cách đọc kunyomi của chúng. Chúng có thể được viết cùng với okurigana (các hậu tố đi kèm viết bằng kana) để biểu đạt biến cách kết thúc của động từ hay tính từ, hay do qui ước.
Ví dụ: 情け nasake “sự cảm thông”, 赤い akai “đỏ”, 新しい atarashii “mới”, 見る miru “nhìn”, 必ず kanarazu “nhất định, nhất quyết”. Okurigana là một khía cạnh quan trọng trong cách dùng kanji trong tiếng Nhật.
Các từ ghép kanji nhìn chung được đọc bằng onyomi, trong tiếng Nhật gọi là 熟語 jukugo (thục ngữ). Ví dụ, 情報 jōhō “thông tin”, 学校 gakkō “trường học”, và 新幹線 shinkansen “tàu tốc hành” đều tuân theo dạng này. Sự khác nhau giữa qui tắc đọc kanji độc lập và ghép làm cho nhiều từ có ý nghĩa gần giống nhau nhưng lại có cách đọc hoàn toàn khác nhau. 東 “hướng đông” và 北 “hướng bắc” khi đứng độc lập dùng cách đọc kun tương ứng là higashi và kita, trong khi từ ghép 北東 “hướng đông bắc” lại dùng cách đọc on là hokutō. Điều này còn phức tạp hơn bởi thực tế nhiều kanji có nhiều hơn một cách đọc onyomi: 生 đọc là sei trong từ 先生 sensei”giáo viên” nhưng lại đọc là shō trong 一生 isshō “cả đời người”. Ý nghĩa cũng cũng có thể là tác nhân đối với cách đọc; 易 đọc là ikhi nó mang nghĩa “đơn giản”, những lại thành eki khi nó mang nghĩa “tiên đoán, bói toán”, cả hai cách đọc đều là on’yomi của ký tự này.
Qui tắc vỡ lòng này cũng có rất nhiều ngoại lệ. Số lượng những từ ghép đọc bằng kunyomi không lớn như onyomi, nhưng cũng không phải là hiếm. Chẳng hạn như 手紙 tegami “thư”, 日傘 higasa “cái ô”, hay một từ khá nổi tiếng 神風 kamikaze “ngọn gió thần thánh”. Những từ ghép như thế cũng có thể có okurigana, như 空揚げ (còn được viết là 唐揚げ) karaage “đồ ăn chiên” và 折り紙origami “nghệ thuật gấp giấy”, mặc dù nhiều khi chúng được viết bỏ đi okurigana (ví dụ, 空揚 hay 折紙).
Tương tự, một số ký tự onyomi cũng có thể được dùng như một từ khi đứng độc lập: 愛 ai “tình yêu”, 禅 Zen “thiện”, 点 ten “dấu chấm”. Hầu hết các trường hợp này liên quan đến những kanji không có kun’yomi, nên có thể không có sự nhầm lẫn, mặc dù vẫn có các ngoại lệ. Ký tự độc lập 金 có thể đọc là kin “tiền, vàng” hoặc cũng có thể là kane “tiền, kim loại”; chỉ có cách dựa vào ngữ cảnh mới biết được cách đọc và ý nghĩa trong dụng ý của người viết.
Do có nhiều cách đọc nên số lượng từ cùng cách viết khác ý nghĩa cũng tăng lên, nhiều khi chúng có các ý nghĩa khác nhau phụ thuộc vào cách đọc. Lấy một ví dụ là từ 上手, có thể đọc theo 3 cách khác nhau: jōzu (khéo léo, giỏi), uwate (phần trên), hoặc kamite(phần trên). Thêm nữa, từ 上手い lại được đọc là umai (khéo léo, giỏi). Người ta thường furigana trong những trường hợp này để làm rõ sự nhập nhằng về ý nghĩa.
Như đã nói ở trên, cách đọc 重箱 jūbako và 湯桶 yutō cũng không hề hiếm. Thực tế, toàn bộ 4 kiểu kết hợp cách đọc đều có thể xảy ra: on-on, kun-kun, kun-on và on-kun.
Nhiều tên địa danh nổi tiếng, như Tokyo (東京 Tōkyō) hay ngay cả tên Nhật Bản (日本 Nihon hoặc nhiều khi đọc là Nippon) được đọc bằng onyomi; tuy nhiên, đại đa số tên địa danh ở Nhật được đọc bằng kunyomi: 大阪 Ōsaka, 青森 Aomori, 箱根 Hakone. Khi các ký tự được dùng để viết tắt tên địa danh, cách đọc của chúng có thể không như nguyên gốc. Đội bóng chày của Osaka (大阪) và Kobe (神戸) có tên gọi Hanshin (阪神) Tigers, được lấy từ cách đọc onyomi của ký tự kanji thứ 2 trong từ Ōsaka và đầu tiên trong từKōbe. Tên của tuyến đường sắt Keisei (京成) nối thành phố Tokyo (東京) và Narita (成田) cũng tương tự như vậy, nhưng cách đọc ký tự 京 trong 東京 lại biến thành kei, mặc dù kyō là một cách đọc onyomi trong từ Tōkyō.
Tên họ của người Nhật cũng thường được đọc bằng kunyomi: 山田 Yamada, 田中 Tanaka, 鈴木 Suzuki. Tên riêng tuy không hẳn được đọc theo kiểu jūbako hay yutō đã đề cập, mà cũng bao gồm lẫn lộn kun’yomi, on’yomi và nanori: 大助 Daisuke [on-kun], 夏美Natsumi [kun-on]. Do các bậc cha mẹ thường tự lựa chọn theo ý riêng, nên cách đọc tên riêng thường không theo bất kỳ quy tắc nào và cũng không thể biết chắc chắn cách đọc tên riêng của một người nếu không xác định lại. Người đặt tên có thể khá sáng tạo, có những đứa trẻ mang tên 地球 Āsu hay 天使 Enjeru, nghĩa đen tương ứng là “Địa Cầu” và “Thiên Sứ”, những cách phát âm cũng gần giống các từ tiếng Anh “Earth” và “Angel” (khi được Nhật hóa phát âm); chúng không phải là tên phổ biến, cách đọc thông thường của 2 từ này tương ứng là chikyū và tenshi. Tuy nhiên, luôn có những quy tắc phổ biến giúp người đọc có kinh nghiệm có thể đoán trước khá chính xác cách đọc của hầu hết tên riêng.